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病毒自然突變是不可避免的，現(xiàn)在突變的很少，而且沒有重組發(fā)生，沒有對(duì)疫情有影響，疫情也沒有變嚴(yán)重，同時(shí)目前的突變還不太會(huì)影響到現(xiàn)有疫苗的開發(fā)工作。

同時(shí)這是個(gè)回顧性研究，病毒早就突變了，不是剛突變的。

雖然病毒自然進(jìn)化出了傳染力和毒性更強(qiáng)的類型，但是在人工干預(yù)的情況下這些毒性強(qiáng)的病毒反而優(yōu)先被控制住了，所以現(xiàn)在傳播的更多的是毒性弱的種類。

啃了論文，論文大概提出了幾個(gè)要點(diǎn)

1.論文作者做了最近最大的一波基因型分析（然而也只有103個(gè)），根據(jù)其中101的病毒進(jìn)行分型，總結(jié)出了2個(gè)不同的類型L和S。

2.S型病毒更古老，L型病毒比較新。

3.L型病毒的毒力和傳播性較強(qiáng)，S型比較弱。

4.可能是因?yàn)長(zhǎng)型攻擊力比較強(qiáng)的原因，導(dǎo)致更多的L型病人得到了較好的控制，以至于L型被人工干預(yù)較嚴(yán)重。

5.S型因?yàn)槎拘暂^弱，反而流傳到外地較多，同時(shí)因?yàn)長(zhǎng)型被壓制的原因，在1月份以后占比提升顯著。

6.在103個(gè)樣本中都是單獨(dú)感染性，只有一個(gè)患者發(fā)現(xiàn)了疑似2個(gè)病毒型的混合感染。但不確定。

7.論文作者也認(rèn)同病毒的S蛋白區(qū)域來自馬來西亞穿山甲冠狀病毒的重組，這可能是一種自然選擇的結(jié)果。

8.目前還沒有監(jiān)測(cè)到病毒有發(fā)生重組跡象。

我后邊開始更新正文。

論文如上。

病毒變異這個(gè)事情是在正常不過的事情了，RNA單鏈病毒這玩意本身不穩(wěn)定性太強(qiáng)，在復(fù)制的過程中出個(gè)錯(cuò)或者與宿主體內(nèi)其他存在的同類病毒甚至是不同類型的病毒產(chǎn)生個(gè)重組都是很常見的情況。

比如論文作者分析了蝙蝠的冠狀病毒與馬來穿山甲的冠狀病毒的S蛋白受體的結(jié)合域（RBD），判斷很可能是這兩個(gè)病毒發(fā)生了重組，生成了現(xiàn)在我們流傳的新型冠狀病毒。而這這還不是一個(gè)單純的隨機(jī)組合事件，是一種屬于自然選擇的行為。

這句話可以理解為這種重組在自然選擇下可能是一種必然的存在，就是更有利于病毒的傳播與繁衍，所以這種重組是不可避免的。

接下來說這次論文里提到的S型和L型病毒，其實(shí)這2個(gè)名字來源很簡(jiǎn)單，作者在分析了149個(gè)突變位點(diǎn)中的找出了43個(gè)同義和83個(gè)非同義突變，其中大多數(shù)的突變都是非常低的，同時(shí)并沒有發(fā)現(xiàn)病毒有重組跡象。

而同時(shí)作者發(fā)現(xiàn)在8,782這個(gè)位點(diǎn)和28,144處的位點(diǎn)基因顯示出顯著的連鎖關(guān)系（linkage，這玩意解釋起來比較復(fù)雜，大家就當(dāng)這2個(gè)基因關(guān)聯(lián)性很強(qiáng)，在病毒被復(fù)制的時(shí)候會(huì)同時(shí)一起被保留下來）。

在103株SARS-CoV-2病毒株中，72個(gè)毒株表現(xiàn)出“ CT”單倍型（定義為“ L”型，因?yàn)門28,144位于亮氨酸的密碼子中）和29個(gè)毒株表現(xiàn)出“ TC”單倍型（定義為“ S”型，因?yàn)镃28,144位于絲氨酸的密碼子中）。

CT就是DNA構(gòu)成的哪個(gè)ACTG堿基的CT，密碼子就是ATCG的堿基對(duì)翻譯成蛋白質(zhì)的一個(gè)表，類似于乘法口訣表，3個(gè)堿基對(duì)對(duì)應(yīng)一個(gè)氨基酸。

SARS-CoV-2病毒分為兩種主要類型，L是主要類型（70％），S是次要類型（30％）。

藍(lán)色是L型病毒，紅色是S型病毒，每一個(gè)小節(jié)點(diǎn)是一個(gè)病毒樣本的編號(hào)，那么能看的出來是從S型紅色病毒進(jìn)化出了L型藍(lán)色病毒，以及他的一個(gè)進(jìn)化過程。

同時(shí)采用S型病毒、L型病毒，與穿山甲冠狀病毒以及蝙蝠身上的病毒還有SARS進(jìn)行對(duì)比也能發(fā)現(xiàn)，S型病毒更接近與穿山甲冠狀病毒和蝙蝠冠狀病毒。

L類型是S類型突變過來的，但L的比例更多，可以說明L具有比S類型更高的感染力率。

從武漢分離出的27種病毒中，有26種（96.3％）是L型，只有1種（3.7％）為S型。但是，在武漢以外的其他73種病毒中，有45種（61.6％）L型，其中28種（38.4％）為S型。比較表明，L型是武漢的流行程度明顯高于其他地方。2020年1月7日之前分離出的26個(gè)樣本全部來自武漢，從2020年1月7日開始收集的74個(gè)樣本中，只有一個(gè)來自武漢有33個(gè)來自中國(guó)其他地方，40個(gè)來自中國(guó)以外的患者。

結(jié)論可能是L型雖然傳播力更強(qiáng)，但是L型的毒性也可能更強(qiáng)，以至于更容易被人類的防控措施所壓制，也就是人工選擇（區(qū)別于自然進(jìn)化）使得更古老，毒性更低的S型傳播范圍更廣了。

通過上圖能看出來武漢以外地區(qū)S型明顯多一些，而且隨著我們的國(guó)家防控措施生效以后L型得到了有效的抑制，使得S型病毒比例增加了。

目前沒太搞清楚病毒是怎么從S型進(jìn)化到L型的，但是從少數(shù)病患體內(nèi)（一個(gè)美國(guó)一個(gè)澳大利亞）發(fā)現(xiàn)患者體內(nèi)可能同時(shí)存在S型和L型的病毒。有可能是他們被2種病毒感染。

最后要說的是，以上信息都是生信分析出來的結(jié)果，還要結(jié)合具體的流行病學(xué)的分析結(jié)果，同時(shí)本次雖然做103個(gè)樣本的分析，但是對(duì)于目前全球感染量超10萬，大家感受下比例，大概0.1%不到，這個(gè)對(duì)于統(tǒng)計(jì)學(xué)還是生信來說樣本量還是太小了，可能存在錯(cuò)誤的情況。

我想起來忘了寫哪個(gè)部分了，忘了全家福哎。

這張圖里把所有的S和L型病毒進(jìn)行的進(jìn)化樹的分類，其實(shí)大家可以直觀的看出來S和L并不是2個(gè)病毒的名字，而是兩類具有一些共同點(diǎn)的病毒分類。每一個(gè)病毒之間多多少少都有一些不同的突變的，這正符合了RNA病毒復(fù)制的過程中沒譜的情況。

大家感興趣可以把這個(gè)圖片放大，比如WH的就是從武漢找到的樣本，后邊的WH-2020/01/05就是病毒被檢測(cè)或者測(cè)序的時(shí)間，同理GD就是廣東，USA就是美國(guó)啥的。很容易理解。在這棵樹上離得越近的病毒說明他們的序列越接近，離得越遠(yuǎn)的說明他們的序列差的越多。

舉個(gè)例子，USA-2020/1/25a和US-2020/1/19a和USA-2020/1/25b這三個(gè)美國(guó)的樣本就基本是一致的序列，他們和CQ-2020/1/21a非常接近CQ我估計(jì)應(yīng)該是重慶。

如果配合上流行病學(xué)的調(diào)查，比如這三個(gè)美國(guó)患者去過重慶，或者是接觸過從重慶回來的感染者一類的，就可以分析了。所以光生信是不行的，還是要結(jié)合流行病學(xué)的調(diào)查結(jié)果。